Спустя три десятилетия с момента катастрофической Третьей мировой войны и разрушительной ядерной атаки на Токио, на руинах старого мегаполиса возник новый городской центр, названный Нью-Токио. Поверхность скрывает мрак: внешне все кажется под контролем, однако в стране царит атмосфера тоталитаризма, где любые попытки восстания жестоко подавляются. В условиях этой угнетающей реальности исследовательские учреждения занимаются экспериментами над парапсихологическими способностями людей, стремясь создать идеальное оружие, способное изменить ход истории. Режим, который формировался в послеуничтоженном обществе, соперничает с потенциальными мятежниками, борющимися за свои права и свободы.
Тем временем военные силы, представленные полковником Сикисимой, руководителем программы биологических экспериментов, находят себя в противостоянии с правительством, которое стремится укрыть правду о происходящем. На горизонте появляется религиозный культ, почитающий загадочную сущность по имени Акира, которая, по слухам, способна разрешить все беды, терзающие страну. Его приход обещает не только надежду, но и хаос, что поднимает вопрос о том, куда приведет этот путь. В этих условиях борьба за власть и истину обретает еще большее значение, поскольку каждый скрывает свои намерения, а тень прошлого продолжает влиять на судьбы будущих поколений.